La souveraineté est une question d’autorité et de direction : qui a le dernier mot et porte la responsabilité ? L’autonomie concerne la capacité pratique d’agir de manière indépendante et d’utiliser des alternatives.
Une organisation peut être formellement autorisée mais disposer de peu d’autonomie si elle ne peut pas techniquement changer de système ou si seul un fournisseur peut gérer le système. La souveraineté sans marge d’action suffisante reste alors largement sur le papier.