Bei Souveränität geht es um Autorität und Führung: Wer hat das letzte Wort und trägt die Verantwortung? Bei Autonomie geht es um die praktische Fähigkeit, unabhängig zu handeln und Alternativen zu nutzen.
Eine Organisation mag formell autorisiert sein, aber wenig Autonomie haben, wenn sie technisch nicht umstellen kann oder wenn nur ein Lieferant das System verwalten kann. Souveränität ohne ausreichenden Handlungsspielraum bleibt dann weitgehend auf dem Papier.